在思明区思明南路中段，即鸿山南麓。寺建于明万历年间（1573—1620）。寺原在鸿山与虎头山夹峙之间的山坡上，殿堂毕具，雄伟庄严，是厦门本岛以寺见称的第二座寺院。寺后有古道通向南普陀寺以东海滨地区。两山夹峙之间，四面通风，每当雨季，横风吹雨，雨丝交穿如织，故有“鸿山织雨”的奇观，为厦门八大景之一。

清光绪十五年（1889），漳州南山寺喜参和尚应邀来寺住持，重修鸿山寺。后来喜参和尚又转往重兴南普陀寺。民国初年，蒋以德居士独捐巨资重修殿堂楼苑。民国十三年（1924），转逢和尚献南普陀寺为十方丛林时，鸿山寺随之收为南普陀寺的下院。民国二十七年厦门沦陷，鸿山寺住众大都离散内地，一度废圮，抗战胜利后，转由菜姑住持。

建国后，菜姑修明住持寺院，恢复组织念佛会。1958年，寺院由房管部门收管，分租居民进住，1985年经地方政府批示，由佛教协会收回产权，迁走居民，并拨土地3000多平方米扩建殿宇。1986年，新加坡龙山寺华僧妙华老法师捐献巨资翻修、扩建大殿、法堂以及楼堂、院舍多所。初期复建工程由妙华法师法子世澄法师负责兴建。1989年至今，建设及扩建工程转由妙华门徒法云法师主持兴建。

时旧寺殿堂处于降坡崖侧，周围残岩悬空，或巉岩丛立，地势兀落不平，难求立足旷地。法云法师工于企划，乃就山势地貌，精心营运，或凿岩垒石，擘建隆楼杰阁；或穿石洞壁，构成院落，殿堂楼院之间高低错落有致，通以回廊曲径，使之连成一体。在山门内登山石磴两侧，又精思巧构地利用陡峭岩崖隙地，遍植修竹花木，构建琼台亭阁，或于亭下引泉蓄水成池，放养水生鱼藻，架小桥以通，供人以临渊观鱼之乐，或于修篁花蔟之间建亭平崖，予人以静坐幽听鸟语之趣。纵观整体布局，既不失佛教寺院之恢伟庄严，更兼有园林清奇雅趣，而使寺与山后的鸿山公园相映相衬。

鸿山寺后旧有郑成功驻军故垒嘉兴砦（寨），还有明熹宗天启二年（1622）福建都督徐一鸣和赵颇攻剿“红夷”（荷兰殖民者）的石刻碑文。此历史文物古迹现列为厦门重点文物保护单位。现任住持法云法师。