在思明区东北隅的玉屏山麓。相传古时山谷中有一石洞，洞中有虎，称为虎洞，洞下潺潺流水汇成小溪，故称“虎溪”。虎溪山上，林木蓊郁，岩壑幽邃，怪石嶙峋，鸣泉清澈，其中“虎溪夜月”列为厦门八大景之一。

虎溪岩始建于明神宗万历（1602—1620）后期。当时厦门有一名士林懋时，他爱石成癖，自称“石痴”，为爱此山巉岩耸立，奇峭岧峣，即荷锄锸，亲自入山开凿岩穴。先凿建山背的“白鹿洞”和山前的“稜层室”、“摹天洞”，并亲自书刻“稜层”、“摹天”四个大字，分别刻在两个洞口上。据《厦门志》记载：明万历间，另一名士池显方在玉屏山上建“玉屏寺”。

玉屏寺毁于明末清初的厦门战乱，圣祖康熙四十年（1700），福建水师提督吴英，捐俸谋建虎溪岩，延聘晋江籍的元飞和尚来寺主持营建。元飞和尚为黄蘗山万福寺赴日本传教隐元和尚第四代徒孙，以元飞和尚为第一代算起，几百年来该派法系绵亘相传不息。至今己传至十六代，其中至第十二代会泉传下“宏、开、向、上、宗”字辈，现“开、向”字辈为最多。元飞和尚主持重建虎溪岩寺，经十余年经营，先后重建大雄殿、啸风亭、垂云楼、渡虎桥以及登山石径和寺前石围。建成后，改玉屏寺为虎溪岩。

据文献记载，虎溪岩重建后曾先后六次举行传戒大法会。世宗雍正十二年（1734），厦门海防同知李璋再次重修虎溪岩殿宇，并扩建准提阁、弥勒楼和“供佛泉”、“飞鲸石”。宣统元年（1909），虎溪岩住持善温和尚将虎溪岩交给他的门徒会泉和尚住持。民国二十七年六月，厦门沦陷，会泉避居鼓浪屿。后辗转至新加坡弘法。虎溪岩由其徒孙开慧、开教住持。

1949年建国后，寺务由僧宏辉住持。1958年岩寺为部队借驻。1966年爆发“文化大革命”，岩寺佛教设施被毁坏净尽。80年代初国家全面落实宗教政策，部队撤离寺岩。由厦门市佛教协会接管。

1985年，会泉门徒、新加坡华僧宏船捐资重建，先后建成大雄宝殿、弥勒殿、啸风亭、稜层洞、宏船法师纪念楼以及山门、道路、围墙、车库等，并由其徒开正住持。1985年中秋节，政府正式宣告虎溪岩为开放寺院。同年农历十月十八日首次举办“大悲法会”。

1986年农历十一月十五日又举办一连四天的普利法会，吸引海内外众多佛教信徒前来参拜。

2005年10月，中国佛教协会常务副会长、福建省佛教协会名誉会长、厦门佛教协会名誉会长、闽南佛学院院长圣辉大和尚住锡虎溪岩寺，应邀成为虎溪岩寺方丈大和尚，带领厦门市佛教进一步对外开放，虎溪岩成为海内外众多善信和旅客朝拜、旅游的胜地，因之日益发达旺盛。

2012年5月18日，厦门市佛教协会副会长兼秘书长净心法师荣膺虎溪岩方丈并举行升座庆典。